广义上来说，凡是细胞培养体系中的外来成分或成分变化，都应视为污染，细胞污染不能完全被消除，但能减少其发生的频率及后果的严重性，细胞污染主要根据细胞污染源主要可以分为物理性、化学性、生物性污染。

物理性污染

  物理性污染通过影响细胞培养体系中的生化成分，从而影响细胞的代谢，如温 度、放射线、振动、辐射(紫外线或荧光)会对细胞产生影响。常见的例子有：培养箱温度过高、周围放置能引起机械振动的设备、试剂放在有玻璃门的冰箱中长期受到光照等。物理性污染常常被人们所忽视或被笼统地归为化学性污染。

化学性污染

   培养环境中许多化学物质都可以引起细胞的污染。化学物质并不总是抑制细胞的生长，某些化学物质如激素就可促进细胞的生长。未纯化的物质、试剂、水、血清、生长辅助因子及储存试剂的容器都可能成为化学性污染的来源。为了避免金属离子、有机分子、细胞内毒素等物质对水的污染，在配制液体，清洗容器时必须使用不含杂质的超纯水。细胞培养使用的所有物质都应是高纯度的，并经过权威机构的鉴定，实验者本人也应对上述成分进行纯度鉴定。同时，正确配置和储存培养液及试剂也是非常重要的，应该采取标准的操作步骤，避免液体体积计算错误，混用类似化合物等错误。

微生物污染

  微生物污染的原因可分为2个阶段：实验准备阶段和实验操作过程。准备阶段的原因包括：实验耗材灭菌不彻底；细胞房清洁度不够，增加微生物污染风险；超净台洁净度不够，消毒不够彻底，紫外线没有预先照射足够时间，表面没有用酒精擦拭；没有带无菌乳胶手套；试剂本身已经污染，没有检测出来。实验操作中的污染，往往是不够严谨，粗心大意造成，如：手从无菌试剂的上方经过；移液器操作不当，液体接触到移液器前端；移液管吸液过猛；枪头没有更换，较差污染等。

  不同的微生物污染物对细胞的影响也有差别，微生物中支原体和病毒对细胞形态和技能的影响是长期的，缓慢的和潜在的。而霉菌和细菌增殖迅速，能在很短的时间内抑制细胞生长或产生有毒物质杀灭细胞。